Sự căng thẳng cuối cùng đã dẫn đến cuộc nội chiến kéo dài, dù có những lúc yên tĩnh từ năm 1562 – 1598. Sau mỗi lần ngừng chiến, lòng tin của người Huguenot vào nhà vua Công giáo càng suy giảm, sau đó bạo động càng trở nên dữ dội, những đòi hỏi của người Kháng Cách càng lớn hơn cho đến sau cuộc ngừng chiến sau cùng là lúc sự thù nghịch công khai bùng nổ vào năm 1598.

Cuộc nội chiến dần dần nảy sinh những nhân tố tự thúc đẩy, phát triển thành mối thù nghịch giữa Nhà Bourbon và Nhà Giuse - cùng với sự bất đồng tôn giáo – là mục tiêu chiếm lấy vương quyền nước Pháp. Ngai vàng thuộc về Nhà Valoise, thường vẫn ủng hộ phe Công giáo, nhưng đôi khi vì quyền lợi chính trị cũng quay sang phe Kháng Cách.

Chiến tranh Tôn giáo

Chiến tranh Tôn giáo Pháp bắt đầu với vụ thảm sát tại Wassy ngày 1 tháng 3 năm 1562, có ít nhất 30 người[4] (từ những nguồn tin khác là 1000 người[5] hoặc hơn) Huguenot bị giết và khoảng 200 người bị thương.

Sau vụ thảm sát, người Huguenot tự tổ chức thành một phong trào chính trị, tạo lập một đạo quân hùng hậu và một lực lượng kỵ binh thiện chiến đặt dưới quyền chỉ huy của Đô đốc Gaspard de Coligny. Henry xứ Navarre và Nhà Bourbon liên minh với phe Huguenot, tăng cường sức mạnh và thêm thành luỹ cho nhóm Kháng Cách, trong lúc mạnh nhất họ có trong tay 60 thành trì kiên cố, trở thành một mối đe doạ nghiêm trọng cho vương triều Công giáo và thủ đô Paris trong suốt ba thập niên.

Thảm sát Ngày lễ Thánh Barthélemy

Cuộc chính biến được biết dưới tên vụ Thảm sát Ngày lễ Thánh Barthélemy xảy ra từ ngày 24 tháng 8 – 17 tháng 9 năm 1572, khi phe Công giáo giết hàng ngàn người Huguenot tại Paris. Các cuộc thảm sát tương tự diễn ra ở những thị trấn khác trong những tuần lễ tiếp theo, với số nạn nhân ước tính khoảng 110.000 người. Sau đó, một lệnh ân xá cho những người tổ chức và thực hiện vụ thảm sát được ban hành năm 1573.

Chiếu chỉ Nantes

Cuộc thánh chiến thứ năm chống lại người Huguenot khởi sự từ ngày 23 tháng 1 năm 1574. Sự xung đột tiếp diễn trong từng giai đoạn cho đến năm 1598, khi Henry xứ Navarre, người chấp nhận đức tin Công giáo để trở thành Vua Henri IV của Pháp, ban hành chiếu chỉ Nantes. Chiếu chỉ này cho phép người Kháng Cách sống bình đẳng với người Công giáo như là những thần dân của nhà vua, cũng bảo đảm một mức độ tự do về tôn giáo và chính trị trong vùng lãnh thổ của họ. Đồng thời, chiếu chỉ Nantes bảo vệ quyền lợi người Công giáo và ngăn chặn việc thành lập nhà thờ Kháng Cách trong những vùng đất ở dưới quyền kiểm soát của người Công giáo.

Sau khi chiếu chỉ Nantes được ban hành, những áp lực từng buộc người Huguenot phải rời khỏi nước Pháp cũng suy giảm. Tuy nhiên, trong thời trị vì của Vua Louis XIV (trị vì 1643-1715), tể tướng của nhà vua, Hồng y Mazarin (nắm giữ quyền bính khi nhà vua còn niên thiếu cho đến khi ông – Mazarin - qua đời năm 1661) tái lập những cuộc bách hại người Kháng Cách, sử dụng quân đội để khủng bố họ đến nỗi nhiều người không còn chịu đựng nỗi và buộc phải lưu vong.

Chiếu chỉ Fontainebleau

Năm 1685, nhà vua thu hồi chiếu chỉ Nantes, và ban hành chiếu chỉ Fontainebleau công bố đức tin Kháng Cách là bất hợp pháp. Đông đảo người Huguenot (ước tính từ 200.000 đến 1.000.000[6] người) bỏ trốn sang các quốc gia Kháng Cách lân cận như Anh Quốc, Hà Lan, Thuỵ Sĩ, Na Uy, Đan Mạch và Phổ - ở Phổ, Đại Vương hầu Frederick William đón tiếp họ, và những người tị nạn ra sức giúp phục hồi đất nước bị tàn phá bởi chiến tranh và thưa dân của vương hầu.

Đến giữa thập niên 1660, số cư dân Huguenot tại Pháp chỉ còn 856.000 người, đa phần sống ở nông thôn. Basse-Guyenne, Saintonge-Aunis-Angoumois, và Poitou là những khu vực có đông người Huguenot nhất.[7]